Pierwsza romańska świątynia powstała na początku XIII w. Kilkadziesiąt lat później na jej zrębach wyrósł kościół w stylu wczesnogotyckim. Jego obecny wygląd to wynik kolejnych przebudów. W XV w. wzbogacił się o arcydzieło rzeźbiarskie późnego gotyku – ołtarz główny dłuta Wita Stwosza. Z wieży co godzinę rozbrzmiewa hejnał mariacki – jeden z symboli miasta. Należy do najważniejszych i najbardziej rozpoznawanych kościołów Krakowa. Od 1962 r. posiada tytuł bazyliki mniejszej.
